L’Antarctique a longtemps été considéré comme pratiquement exempt d’agents pathogènes. Aujourd’hui, cependant, la réalité est tout autre : le continent blanc abrite une diversité étonnamment grande de virus, dont beaucoup coexistent apparemment depuis longtemps avec les manchots, les oiseaux marins et les mammifères marins sans provoquer de maladies visibles. L’apparition de la grippe aviaire hautement pathogène H5N1 en 2024 a toutefois mis en évidence à quel point cet écosystème unique est vulnérable face à de nouveaux agents pathogènes introduits de l’extérieur.
Ce n’est que grâce aux techniques modernes de biologie moléculaire, telles que la PCR et le séquençage du génome, qu’il a été possible de cartographier l’univers viral caché de l’Antarctique. Les scientifiques ont découvert de nombreux adénovirus, astrovirus, circovirus et polyomavirus, ainsi que des deltacoronavirus et plusieurs lignées virales jusqu’alors inconnues, présentes exclusivement en Antarctique. Des études montrent désormais que les manchots abritent une diversité de virus à ARN aussi grande que celle des oiseaux aquatiques des latitudes tempérées. La prétendue rareté des virus était donc principalement due à un manque de recherches.
Des chercheurs de la péninsule antarctique ont apporté une contribution importante à cette nouvelle compréhension en découvrant les trois avulavirus jusqu’alors inconnus AAvV-17, AAvV-18 et AAvV-19. Ils ont été détectés chez les manchots Adélie, les manchots papous et les manchots à jugulaires, et se distinguent nettement des virus apparentés présents dans d’autres régions du globe. Étant donné que les animaux infectés ne présentaient aucun symptôme de maladie et que les virus étaient présents dans plusieurs colonies, les scientifiques supposent qu’ils font partie depuis longtemps du virome naturel des manchots.
Tous les virus ne sont pas nécessairement nuisibles. Certains pourraient même remplir des fonctions importantes pour le système immunitaire ou l’équilibre écologique de leurs hôtes. Le rôle réel des virus endémiques de l’Antarctique reste toutefois largement inexploré à ce jour.
L’apparition du virus H5N1 de la grippe aviaire hautement pathogène a marqué un tournant. Alors qu’aucune infection n’avait encore été détectée en 2023, le virus a été mis en évidence pour la première fois en mars 2024 chez des goélands prédateurs sur l’île James Ross. D’autres découvertes plus au sud ont confirmé que l’Antarctique faisait désormais partie de la propagation mondiale de ce virus. Bien qu’aucune épidémie à grande échelle n’ait été observée à ce jour dans les colonies de manchots, la forte densité de population de nombreuses colonies de reproduction rend ces animaux particulièrement vulnérables aux agents pathogènes hautement contagieux.
La recherche sur les virus antarctiques prend donc de plus en plus d’importance. Le changement climatique, l’intensification du trafic maritime et la présence humaine croissante augmentent le risque que d’autres agents pathogènes atteignent ce continent isolé. Dans le même temps, l’Antarctique offre un laboratoire naturel unique pour étudier l’évolution des virus et leurs interactions avec leurs hôtes. Une surveillance continue sera déterminante pour protéger à long terme la faune unique du continent le plus au sud.
Rosamaria Kubny, PolarJournal